Fische und Fischerei
Als Teil des artenreichen Fliessgewässersystems Thur-Rhein war die Sitter eines der historisch bedeutendsten Fischgewässer der Ostschweiz. Sie weist jedoch durch verschiedene Nutzungen heute gravierende Defizite im Fischbestand auf, dessen Artenspektrum sich im Vergleich zu früher halbiert hat. Während man im obersten Abschnitt der Sitter auf meist noch standortgerechte Fischbiozönosen trifft, sind diese im mittleren und unteren Verlauf bezüglich ihrer Artenvielfalt, Fischdichten und Biomassen deutlich gestört. Dies wirkt sich auch auf die fischereiliche Nutzung aus. Seit den 1990er Jahren ist in allen Sitterkantonen ein deutlicher Rückgang der Fangerträge zu erkennen. Um eine angelfischereiliche Nutzung der Fischbestände aufrecht zu erhalten, findet entlang der Sitter teilweise noch Fischbesatz statt, dessen Erfolg und künftiger Fortbestand zurzeit überprüft wird.
Entscheidende Ursachen für den Fischrückgang sind in der strukturell naturnahen Sitter primär die Auswirkungen der Wasserkraftnutzung. Beispielsweise können Querbauwerke die Fischgängigkeit erschweren, sowie Schwall/Sunk-Effekte zur Entwertung der Kieslaichflächen führen und somit die Reproduktion einschränken. Ebenso sind aufgrund der früheren Kiesentnahmen im Oberlauf Geschiebedefizite deutlich sichtbar. Aufgrund der Einstellung dieser Entnahmen verbessert sich dieser Umstand aktuell.
Infolge neuer Bestimmungen der Gewässerschutzgesetzgebung, die seit 2011 in Kraft sind, waren die Kantone verpflichtet, dem Bund bis Ende 2014 eine strategische Planung zur Sanierung der Beeinträchtigungen durch die Wasserkraftnutzung einzureichen. Dabei sollen bis spätestens 2030 die Defizite in den Bereichen Fischauf- und Fischabstieg, Fischschutz, Geschiebehaushalt und Schwall/Sunk behoben werden. Die Massnahmen an der Sitter werden durch die zuständigen kantonalen Behörden prioritär behandelt.