Naturschutz
Die Nutzungsintensität entlang der Sitter und der angrenzenden Gebiete variiert stark. Neben weitgehend natürlichen Abschnitten befinden sich an der Sitter auch zahlreiche Siedlungsbereiche, Industrieanlagen oder intensiv genutzte Landwirtschaftsflächen sowie Wasserkraftwerke. Aufgrund dieser Beanspruchung des Umlandes sind meist nur die unzugänglichen und daher oft noch naturbelassenen Uferlebensräume im Sittertobel ein Refugium für seltene Tier- und Pflanzenarten. Der Sittertobel soll in seiner Ursprünglichkeit möglichst bewahrt werden. Daher wird die vielfältige Landschaft mit ihren einzigartigen Lebensräumen in Landschafts- und Naturschutzgebieten, aber auch in Geotopen umfassend geschützt. Demnächst wird im Kanton Appenzell Innerrhoden ein Sonderwaldreservat entlang des Sittertobels entstehen. Doch der Schutz der Natur kommt nicht nur Tieren und Pflanzen zu Gute. Den sogenannten „gerinnenahen“ Wäldern und den Auengebieten kommt auch eine wichtige Schutzfunktion vor Naturgefahren zu – die Menschen vor den Auswirkungen bei Hochwasser bewahren kann.