Chemisch-physikalische Wasserqualität
Die Sitter ist ein natürlicherweise kaum organisch belastetes Gewässer. Ihre Wasserqualität wurde und wird vom Menschen teilweise stark beeinflusst. Seit nun über 30 Jahren wird daher die chemische Wasserqualität der Sitter und ihrer Zuflüsse von den Kantonen überwacht (organische Belastung, Nährstoffbelastung sowie Stickstoffverbindungen). Seit 1999 betreiben die vier Kantone ein gemeinsames Überwachungsprogramm. Es kam in der Vergangenheit oft zu erheblichen Belastungen und gelegentlich sogar zu Fischsterben. Ab dem Raum Appenzell traten oftmals mässige bis deutliche stoffliche Belastungen auf. Die gesetzlichen Anforderungen für fast alle Messgrössen wurden bis zum Jahr 2000 oft deutlich überschritten. Seither hat sich die Wasserqualität dank umfassender Massnahmen vor allem bei der Abwasserreinigung im gesamten Verlauf der Sitter deutlich verbessert. Die gesetzlichen Vorgaben werden nun weitestgehend eingehalten. Bei den stichprobenartigen Messungen der chemisch-physikalischen Wasserqualität können jedoch akute Belastungen aufgrund des Messintervalls verpasst werden. Daher müssen ergänzend auch diejenigen Organismen regelmässig überwacht werden, die ständig im Gewässer leben. Sie können kurzzeitig aufgetretene Belastungen ebenso anzeigen wie chronische. Trotz der erreichten Verbesserungen ist das Potenzial für Beeinträchtigungen der chemisch-physikalischen Wasserqualität aufgrund der zahlreichen Siedlungen, Verkehrsflächen und Industriebetriebe entlang der Sitter und der intensiven landwirtschaftlichen Nutzung im Einzugsgebiet weiterhin vorhanden.